상속주택 장기보유특별공제·비과세 적용방법 (2026년)

안녕하세요.

OneStop Tax Lab 원스톱세무회계 대표세무사 이웅주입니다.

최근 양도소득세 상담에서 상속주택 장기보유특별공제와

비과세의 보유·거주기간 계산이 문제가 된 사례가 있었습니다.

배우자가 오랫동안 보유한 주택을 동일세대 배우자가 상속받아 양도하는 사례였습니다.

쟁점은 상속 전 보유기간과 거주기간을 어디까지 인정할 것인지였습니다.

1세대1주택 비과세를 판단할 때는 상속 전 동일세대 보유·거주기간을 통산할 수 있습니다.

그렇다면 장기보유특별공제도 같은 기간을 합산해 최대 80%를 적용할 수 있을까요?

결론은 달랐습니다.

최근 대법원 판례와 국세청 해석까지 확인한 결과, 장기보유특별공제 [표2]의 실제 공제율을 계산할 때는 피상속인의 보유·거주기간을 통산하지 않습니다.

이번 상담에서는 이 차이 때문에 **80%로 생각하기 쉬웠던 장기보유특별공제율이 실제 검토 결과 28%**가 됐습니다.

고가주택이라면 실제 양도소득세도 크게 달라질 수 있는 부분입니다.

※ 실제 상담사례 안내
이 글은 최근 실제 양도소득세 상담을 바탕으로 작성했습니다. 개인정보 보호를 위해 금액과 날짜, 보유기간 및 거주기간 등 일부 사실관계는 세법상 쟁점이 달라지지 않는 범위에서 변경했습니다.

핵심 요약

이번 사례의 핵심은 간단합니다.

구분	상속 전 동일세대 보유·거주기간
1세대1주택 비과세 보유·거주기간	통산 O
장기보유특별공제 [표2] 적용 여부	통산 O
[표2] 실제 보유기간별 공제율	통산 X
[표2] 실제 거주기간별 공제율	통산 X

즉, 비과세를 판단할 때 사용하는 보유·거주기간과 장기보유특별공제율을 계산할 때 사용하는 보유·거주기간은 다를 수 있습니다.

이번 사례에서 가장 중요했던 부분입니다.

동일세대 상속주택의 비과세 보유·거주기간

1세대1주택 비과세의 기본 근거는 소득세법 제89조와 소득세법 시행령 제154조입니다.

이번 사례에서는 특히 소득세법 시행령 제154조 제8항 제3호를 확인해야 합니다.

상속받은 주택으로서 상속인과 피상속인이 상속개시 당시 동일세대인 경우, 비과세 보유·거주기간을 계산할 때 상속개시 전 상속인과 피상속인이 동일세대로서 거주하고 보유한 기간을 통산합니다.

예를 들어 배우자 명의의 주택에서 부부가 동일세대로 오랫동안 거주하다가 배우자의 사망으로 해당 주택을 상속받았다면, 비과세 판단에서 무조건 상속일부터 기간을 새로 계산하는 것은 아닙니다.

상속 전 동일세대로 보유·거주한 기간도 함께 볼 수 있습니다.

여기까지는 비교적 명확합니다.

문제는 장기보유특별공제입니다.

장기보유특별공제율은 별도로 계산합니다

1세대1주택 장기보유특별공제는 **소득세법 제95조 [표2]**에 따라 보유기간과 거주기간을 각각 계산합니다.

요건을 충족하면 최대 공제율은 다음과 같습니다.

보유기간 40% + 거주기간 40% = 최대 80%

따라서 상속 전부터 동일세대로 오랫동안 보유·거주했다면 80%를 먼저 생각하기 쉽습니다.

하지만 비과세 판단에서 상속 전 기간을 통산했다고 해서 장기보유특별공제의 실제 공제율 계산에서도 같은 기간을 그대로 사용하는 것은 아닙니다.

최근 대법원 판결에서도 이 부분이 명확하게 확인됐습니다.

대법원 2025두34935 판결에서 확인된 기준

이번 상담에서 중요하게 확인한 판결은 대법원 2026. 1. 15. 선고 2025두34935 판결입니다.

대법원 2026. 1. 15. 선고 2025두34935
상속주택 장기보유특별공제 거주기간 판단

대법원은 장기보유특별공제 [표2]에서 말하는 거주기간을 양도자가 해당 주택을 취득한 날부터 양도일까지의 보유기간 중 실제 해당 주택에 거주한 기간으로 봤습니다.

상속으로 취득한 주택도 마찬가지입니다.

즉, 상속 전부터 피상속인과 동일세대로 해당 주택에서 오랫동안 거주했더라도 그 기간을 장기보유특별공제의 실제 거주기간별 공제율에 그대로 통산할 수 없다는 의미입니다.

이번 상담에서 80% 적용 여부를 다시 검토하게 된 중요한 근거였습니다.

관련 판례 : 대법원 2026.1.15 선고 2025두34935

국세청 해석도 같은 방향입니다

대법원 판결과 함께 국세청 사전-2025-법규재산-0506도 확인해야 합니다..

이 해석은 이번 쟁점을 조금 더 명확하게 구분합니다.

장기보유특별공제 [표2]를 적용할 수 있는지 판단할 때는 동일세대원으로 보유·거주한 기간을 통산합니다.

하지만 [표2]를 적용한 뒤 실제 보유기간별·거주기간별 공제율을 계산할 때는 피상속인의 기간을 통산하지 않습니다.

상속으로 취득했다면 상속개시일부터 실제 보유·거주한 기간을 기준으로 공제율을 계산합니다.

정리하면 다음과 같습니다.

[표2] 적용대상이 된다는 것과 장기보유특별공제 80%를 적용받는다는 것은 별개의 문제입니다.

실제 신고에서는 이 차이를 놓치지 않는 것이 중요합니다.

관련 해석 : 국세청 사전-2025-법규재산-0506

최근 상담사례에서는 80%가 아니라 28%

이번 상담사례에 적용해 보겠습니다.

개인정보 보호를 위해 구체적인 날짜와 금액은 변경하고 기간만 단순화했습니다.

동일세대 배우자로부터 주택 상속
상속 전 장기간 동일세대로 보유·거주
상속 후 보유기간: 5년 이상 6년 미만
상속 후 실제 거주기간: 2년 이상 3년 미만
양도 당시 고가 1세대1주택

상속 전 기간까지 장기보유특별공제율에 통산한다고 생각하면 **최대 80%**를 적용할 수 있는 것으로 보입니다.

하지만 실제 공제율은 상속 이후 기간을 기준으로 다시 계산했습니다.

보유기간 5년 이상 6년 미만 → 20%

거주기간 2년 이상 3년 미만 → 8%

따라서,

보유 20% + 거주 8% = 장기보유특별공제율 28%

입니다.

구분	상속 전 기간을 통산한 경우	실제 검토
보유기간 공제율	40%	20%
거주기간 공제율	40%	8%
장기보유특별공제율	80%	28%

공제율만 52%p 차이가 납니다.

특히 이번 사례처럼 양도차익이 큰 고가주택이라면 단순한 계산 차이로 끝나지 않습니다.

실제 납부할 양도소득세가 크게 달라질 수 있습니다.

비과세와 장기보유특별공제를 따로 봐야 합니다

이번 사례에서 가장 중요한 결론입니다.

동일세대원으로부터 주택을 상속받았다면 먼저 1세대1주택 비과세 보유·거주기간을 계산합니다.

이때는 소득세법 시행령 제154조에 따라 상속 전 동일세대 보유·거주기간을 통산할 수 있습니다.

그다음 장기보유특별공제를 계산할 때는 다시 봐야 합니다.

비과세에서 계산한 기간을 그대로 가져와 공제율을 적용하면 안 됩니다.

상속인이 주택을 취득한 이후의 실제 보유기간과 거주기간을 기준으로 공제율을 다시 계산해야 합니다.

같은 주택입니다.

같은 보유기간과 거주기간을 이야기합니다.

하지만 비과세 판단과 장기보유특별공제율 계산에서는 적용방법이 다릅니다.

동일세대원으로부터 상속받은 경우 FAQ

동일세대 배우자로부터 상속받으면 피상속인의 보유기간을 모두 인정받나요?

비과세 판단에서는 일정 요건 아래 상속 전 동일세대로 보유·거주한 기간을 통산할 수 있습니다.

다만 피상속인의 전체 보유기간을 무조건 통산한다는 의미는 아닙니다.

상속인과 피상속인이 동일세대로서 보유·거주한 기간을 확인해야 합니다.

비과세에서 거주기간을 통산했다면 장기보유특별공제도 통산되나요?

그렇지 않습니다.

장기보유특별공제 [표2]의 실제 공제율을 계산할 때는 상속 전 피상속인의 보유·거주기간을 그대로 통산하지 않습니다.

1세대1주택이면 장기보유특별공제 80%가 적용되나요?

자동으로 80%가 적용되는 것은 아닙니다.

80%는 보유기간과 거주기간 요건을 모두 충족했을 때 가능한 최대 공제율입니다.
실제 보유기간과 거주기간을 각각 계산해야 합니다.

30초 정리

동일세대원으로부터 상속받은 주택은 비과세와 장기보유특별공제의 기간 계산을 구분해야 합니다.

1세대1주택 비과세
→ 상속 전 동일세대 보유·거주기간 통산 가능

장기보유특별공제 [표2] 적용 여부
→ 동일세대 보유·거주기간 통산 가능

[표2] 실제 공제율 계산
→ 피상속인의 보유·거주기간 통산하지 않음

최근 상담사례에서는 이 차이로 장기보유특별공제율이 **80%가 아닌 28%**로 검토됐습니다.

OneStop Tax Lab Insight

이번 사례는 계산 자체가 어려운 사례는 아니었습니다.

어려운 부분은 어떤 보유·거주기간을 어느 규정에 적용할 것인지였습니다.

비과세에서 기간을 통산했기 때문에 장기보유특별공제에서도 같은 기간을 적용하기 쉽습니다.

하지만 최근 대법원 판결과 국세청 해석을 확인하면 둘을 구분해야 합니다.

특히 양도차익이 큰 상속주택이라면 공제율 차이가 실제 세액에 큰 영향을 줄 수 있습니다.

세무사의 한 줄 조언

상속주택은 비과세 보유·거주기간을 계산한 뒤, 장기보유특별공제 보유·거주기간을 한 번 더 확인해야 합니다.

같은 기간이라고 생각하고 신고하면 예상하지 못한 세액 차이가 발생할 수 있습니다.